Mazda3 może być wyposażona w nowo zaprojektowaną skrzynię ręczną, 5-biegową, albo skrzynię elektronicznie sterowaną, automatyczną 4-biegową (Activematic). Skrzynia 5- biegowa została przeprojektowana specjalnie z myślą o Maździe3. Cały układ zmiany biegów został udoskonalony dzięki zastosowaniu nowych rozwiązań redukujących tarcie. Pierwszy i drugi bieg posiada teraz podwójne, stożkowe synchronizatory ułatwiające i przyspieszające ich zmianę. Zamki biegów mają teraz podwójne łożyskowanie. Powierzchnia wałków prowadzących i sterujących jest specjalnie obrobiona, a tuleje pokryto od wewnątrz teflonem co zmniejsza tarcie o blisko 50%. Sterowana za pomocą cięgien skrzynia biegów, pozwala na lepsze stłumienie wibracji silnika i ogranicza przenoszenie ich na dźwignię zmiany biegów a jednocześnie sprzyja sportowej jeździe. Mazda3 z benzynowym silnikiem 1,6 l MZR dostępna jest również z 4-biegową automatyczną skrzynią Activematic. Skrzynia ta może pracować jako całkowity automat lub w trybie manualnym z możliwością wyboru biegu przez kierowcę. Przy zjazdach, dzięki nowemu oprogramowaniu możliwa jest kontrola nachylenia drogi, hamowanie silnikiem i automatyczna redukcja w możliwie krótkim czasie nawet z czwartego na drugi bieg. Activematic pozwala na przyjazną i dynamiczną jazdę.